計畫執行之管考機制係由本校直屬校長之下的「教學卓越計畫推動暨管考委員會」負責，定期在每季後次月召開委員會會議；委員會由本校校長擔任召集人，並聘請校外學者專家擔任委員，引進外部評估機制；委員會召集各主軸計畫及分項計畫主持人、各院院長、各一級行政主管出席，審議計畫執行進度與經費控管、執行成效評估與回饋。同時，按季督導各主軸執行成果，將執行成果及執行成效之自評報告，送請管考委員會之校外委員評審；並建立經費執行進度之預警機制，建議調整計畫執行重點及經費額度之增減，以確保達成教學卓越計畫的整體目標。